Một người đàn ông bí ẩn tên S (Kamen Rider Eden) xuất hiện cùng hàng nghìn tín đồ cực đoan và gây ra loạt tấn công khủng bố quy mô trên toàn cầu. Trước tình thế đó, chủ tịch tập đoàn công nghệ hàng đầu Nhật Bản - Hiden Aruto cùng những đồng minh buộc phải quay lại với sứ mệnh của mình. Hiden Aruto sẽ trở thành Kamen Rider để ngăn chặn S cũng như phá tan âm mưu tận diệt thế giới để tạo ra một "thiên đường" mới của hắn.
